Al segle X es troba identificat com Armentaria, que en llatí vol dir "lloc de bestiar"
La vila de l'Armentera es troba en una plana al·luvial a ma dreta del curs baix del riu Fluvià i a uns 3 km. del mar, en un espai que es carecteritza per fèrtils terrenys de conreu i aiguamolls.
El lloc de l'Armentera i la seva església de Sant Martí era una posessió del monestir de Sant Pere de Rodes, confirmada a l'any 974 en una epístola del papa Benet VI: villa Armentaria cum ipsa ecclesia Sancti Martini.
A l'any 982, surt esmentat el seu domini en un diploma del rei Lotari i a l'any 990 figura en l'epístola del papa Joan XV a favor de l'esmentat monestir.
En l'acta de restauració de la canònica de la Seu de Girona de l'any 1019, hi ha una referència a l'alou de l'Armentera com una de les possessions que el bisbe Pere donava a la comunitat. posteriorment apareix en una donació del comte Ponç I d'Empúries a l'any 1078, en un reconeixement del cavaller Guillem Umbert de Basella a l'any 1151 i en una compravennda de l'any 1264 de Dalmau i Guillem de Castellnou.
L'Església figura en les Rationes Decimarum dels anys 1279 i 1280 i, a partir del segle XV com a parròquia en els nomenclàtors de la diòcesi.
L'Església va ser totalment reconstruïda al segle XIX, conservant encara alguns vestigis del temple del segle XII o XIII.
Informació extreta de: Catalunya Romànica - Joan Badia i Homs
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)