En el segle IX es troba identificat com a Bedenga i al segle XVII ja el trobem com a Bellcaire. El nom actual correspon a la grafia aglutinada de bell caire, "bella obra", en relació al Castell Palau dels comtes d'Empúries .
La parròquia de Sant Joan de Bellcaire d'Empordà, anomenada antigament Sant Joan de Bedenga, existeix des de l'any 1002. L'església de Sant Joan, antiga parroquial, es degué construir els s. IX-X. El temple actual fou la sala major del palau dels comtes d'Empúries, bastida el segle XIV, i convertida en temple el 1657.
Informació extreta del Repertori General de l'Arxiu Diocesà de Girona, de Josep M. Marquès
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)