El municipi de Sant Miquel de Fluvià ocupa un territori molt reduït i està situat a l'esquerra del riu Fluvià. Limita al nord amb Palau de Santa Eulàlia i Torroella de Fluvià, pel sud-est amb Ventallò i pel sud amb Sant Mori.
El poble es desenvolupà al voltant del monestir benedictí de Sant Miquel de Fluvià, fundat al segle XI, del qual resta l'església parroquial i la torre campanar de grans proporcions.
El territori ha estat habitat al menys des d'època romana, pel fet d'estar situat al peu de la Via Augusta i del pont que en aquella època travessava el riu. Per les troballes que s'han produït també és possible que existís també en el mateix lloc un important establiment romà.