En el segle IX es troba identificat com (Fluvium) Amera i probablement deriva de l'antropònim llatí Amarius o Amerius
La parròquia de Santa Maria d'Amer, mentre depengué del monestir del mateix lloc, és a dir, fins al 1835, fou intitulada a Sant Miquel, església existent el 1184. El temple de Santa Maria és l'antic temple monàstic, esmentat el 844 i consagrat l'any 949, molt refet després dels terratrèmols de 1427. Té en el seu terme l'antiga parròquia de Sant Genis de Costa, citat el 1188, edifici dels s. XVII-XVIII, l'ermita de Santa Brígida, construïda el 1516 i la capella de la Pietat, del s. XVII.
Informació extreta del Repertori General de l'Arxiu Diocesà de Girona, de Josep M. Marquès
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)