El municipi de Sant Joan les Fonts és travessat pel riu Fluvià en quin nucli de població desguassa la riera de Bianya, que entra dins del terme des de la seva confluència amb el Ridaura, que marca un sector del límit occidental del terme. El seu territori és força accidentat i de desigual poblament. Tmabé s'integren al municipi els pobles de Begudà i la Canya. Fins a l'any 1950, el municipi s'anomenava Begudà.

Tot i que l'indret és poblay des de molt antic, com ho demostren les troballes a la cinglera de Fontfreda on existeix una necròpilis que es podeia datar entre els 500 i 600 a.C., trobem documentada per primera vegada l'església de Sant Joan les Fonts (Fontibus) en la seva consagració pel bisbe de Girona Arnulf a l'any 958. Era propietat dels vescomtes de Besalú, Udalart Bernat de Milany i la seva muller Ermessenda, que el 1079 la van cedir al monestir de Sant Víctor de Marsella perquè hi fundés un priorat.

Informació extreta del llibre "Girona Pas a Pas"

© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)