El municipi de Sant Joan les Fonts és travessat pel riu Fluvià, al qual desguassa sota el poble la riera de Bianya, que entra dins del terme des de la seva confluència amb el Ridaura, que marca un sector del límit occidental del terme. El terreny és força accidentat i de poblament desigual. La part que es troba al nord de la riera de Bianya i del Fluvià, format pels contraforts meridionals de la serra de la Cau, compta tant sols amb algunes masies i amb deficients comunicacions. En canvi el sector situat al sud d'aquests dos rius és més poblat i molt més ben comunicat per la carretera que va de Castellfollit a Olot per Begudà i Sant Cosme.
El municipi també està format pel poble de Begudà, de població esparsa, i el poble de la Canya, anomenat també Canya de Baix perquè el seu terme és compartit amb la Vall de Bianya.
El poble de Sant Joan les Fonts, anomenat oficialment Begudà fins els volts de 1950, nasquè i es desenvolupà mercès a la fundació de l'església de Sant Joan de Fontibus, consagrada a l'any 958 pel bisbe de Girona Arnulf i inicialment dedicada a Sant Esteve, Sant Joan i Sant Miquel.
Informació extreta del llibre "Girona pas a pas" de Dolors Grau, lluís Planas i Antonia Vilaplana
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)