La primera notícia que hom té de l'església és en un testament del comte bisbe Miró Bonfill, del 979. El 1075, un altre document ens fa saber que l'església era en construcció (possiblement es tracti d'un nou edifici que succeïa un d'anterior), aquesta fou consagrada el 1085.
El 1107 hom confia aquesta església a l'abat de la Grassa, que hi fundà un petit priorat benedictí i fixà en dotze el nombre de monjos. Potser degut a les indulgències que gaudia el priorat, esdevingué aviat un centre de devoció i pelegrinatge.
A mitjan del segle XVI, el priorat trencà la seva subjecció a la Grassa, i des d'aleshores foren priors del Sant Sepulcre monjos d'importants monestirs del país (Banyoles, Besalú i Ripoll).
Al segle XVIII es fan importants obres de reforma a l'església. A partir del 1816 passa a dependre de Besalú. La comunitat trobà el seu fi amb la desamortització del 1835. En l'actualitat és una església depenent de Sant Pere de Lligordà. S'hi han fet desencertades obres de restauració.
Informació extreta de: http://www.monestirs.cat
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)