El monestir de Sant Pau de Fontclara surt documentat a l'any 889, quan el seu abat, que l'havia fundat amb l'ajut dels veïns del lloc, aconseguí un precepte d'immunitat i confirmació de béns del rei Odó, a Orleans. El rei li confirmà les possessions del mateix lloc amb la font "Clara, in ipso monasterio defluente", altres de Boada, la domus de Santa Reparada amb un extens territori tocant al mar, als actuals termes de Begur i Pals, i, en un altre lloc, la domus de Sant Mateu (de Canet de Verges). Posteriorment a l'any 908, va perdre la seva independència i Carles el Simple el confirmà com a domini de Santa Maria de la Grassa. L'església es convertí en simple parroquial del lloc, funció que mantingué al llarg dels segles.
L'edifici és romànic d'una nau, rematada a llevant per un absis semicircular i que ha estat objecte de reformes posteriors. La portalada és d'estil barroc, a la llinda de la qual hi ha incisa la data de 1639. Al mur lateral de migjorn, queda al descobert un tram de l'antiga obra romànica, l'unic que no fou amagat ni destruït en bastir les capelles laterals als segles XVI i XVII. En aquest espai hi ha l'arc de mig punt de la primitiva portalada, actualment tapiada.
L'absis és la part que resta més ben conservada de la construcció romànica; és decorat amb faixes llombardes sense arquacions. També té tres finestrals de doble biaix i arcs de mig punt. Al costat de migjorn, hi fou afegida la sagristia en època tardana. La volta de la nau és apuntada, però no es pot precisar l'època de construcció. L'aparell romànic de l'edifici, ben visible només a l'exterior de l'absis i en un tram del mur de migdia, és format per petits carreus reectangulars, poc treballats, que constitueixen filades regulars. Aquest tipus constructiu i la decoració absidal fan establir-ne l'època al segle XI.
L'església conserva in situ la decoració mural de l'absis i de l'arc triomfal. Malauradament, l'estat de conservació de les pintures és deficient, de manera que només resten els contorns de les figures i uns vestigis molt difuminats de color en alguns indrets del mur. La conca absidal és presidida per la Maiestas Domini, envoltada per quatre animals simbòlics, la identificació dels quals amb els quatre evangelistes canónics per sant Irineu és ampliaament coneguda en el romànic. Cal destacar la disposició del tetramorf, allunyant-se del centre, mentre giren el cap, donant lloc a una típica disposició centrífuga, molt coneguda en la pintura mural del segle XI. Sota la visió teofànica i sobre un fons de bandes monocromes horitzontals, han estat representats els apòstols, que seuen en un banc continu que recorda el setial litúrgic que ocupaven els preveres en les esglésies paleobizantines durant les celebracions.
Informació extreta de Catalunya Romànica Vol. VIII
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)