Les primeres notícies documentals sobre aquesta església daten del segle IX (ja de la primera meitat) i el X, època en què era una cella monàstica que depenia del monestir de Sant Medir, cenobi que l’any 949 es traslladà a Santa Maria d’Amer i esdevingué una de les abadies benedictines importants del país. Els monjos d’Amer mantingueren i acresqueren els dominis de Colomers al llarg de l’edat mitjana.
Les primeres referències conegudes sobre la cella apellata Columbariis, sita super fluvium Taceran, es troben en un precepte de Carles el Calb de l’any 844, i en un altre precepte del mateix rei del 860, ambdós a favor del monestir de Sant Medir.
L’any 899 el comte Gausfred d’Empúries va fer diverses concessions de drets sobre Santa Maria de Colomers a l’esmentat cenobi. Del 922 és un nou diploma reial, de Carles el Simple, que confirmà els drets i les possessions de Sant Medir, entre les quals hi havia la cella de Colomers. L’any 1187 Santa Maria de Colomers es trobava entre les esglésies confirmades a l’abadia de Santa Maria d’Amer en una butlla del papa Climent III. El comte Hug III d’Empúries vengué a l’abat d’Amer Pere Hug, l’any 1210, la jurisdicció de la parròquia de Santa Maria de Colomers. Així, doncs, l’antiga cella monàstica es convertí en parroquial del lloc de Colomers. És citada en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 i en els nomenclàtors diocesans del 1362, en els del final del segle XIV i en els d’època moderna.
L’any 1384 el comte Joan d’Empúries fou acusat d’haver incendiat l’església de Colomers, que pertanyia al monestir d’Amer, i per aquest motiu fou citat pels vicaris generals de Girona, en seu vacant. Probablement l’afer tenia a veure amb les complexes qüestions que enfrontaren el comte d’Empúries amb el rei Pere III en aquests anys1.
La parròquia de Santa Maria de Colomers depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
Veure també: Masos de Colomers; Patrimoni de Colomers
1 Catalunya Romànica, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)