L’església parroquial de Sant Martí de Baussitges fou consagrada el dia 20 de desembre de l’any 946 pel bisbe Gotmar de Girona, amb l’assistència d’Ermenguer, arquebisbe de Narbona, de Sunyer, bisbe d’Elna i del pare d’aquest, el comte Gausfred d’Empuries-Rosselló. En l’acta es precisen els límits del territori de la parròquia i les diverses donacions amb les quals era afavorida. S’hi indica que l’església havia estat edificada pel prevere Tredecindus o Teudesind.
El mateix comte Gausfred, en el testament de l’any 989, deixà al seu fill Guislabert alous als llocs de l’Albera de Freixe, Baussitges i Requesens (“ipsa villa de Balciias”).
L’any 1218 el comte Hug d’Empúries cedí al priorat de Santa Maria del Camp la tercera part del delme d’aquesta parròquia, més el domini directe d’un mas de Freixe.
En una butlla del papa Honori III de l’any 1219 l’església de Sant Martí de Baussitges és confirmada com a domini de l’abadia de Sant Quirc de Colera. Aquesta confirmació apareix repetida en una altra butlla de l’any 1246, concedida pel papa Innocenci IV al cenobi esmentat.
L’any 1278 Berenguer de Llançà adquirí al comte d’Empúries les possessions situades al vilar i parròquia de Sant Martí de Baussitges, les quals traspassà al seu gendre Simó Satrilla. Aquest cavaller vengué el domini al monestir cistercenc de Santa Maria de Vallbona l’any 1284.
Per resoldre uns litigis amb el bisbe de Girona sobre els delmes de Baussitges i Freixe, l’abat de Vallbona nomenà un procurador l’any 1323 i, aquest mateix any, reconeixia que tenia pel bisbe un terç d’aquests delmes.
L’església de Baussitges és relacionada en les Rationes decimarum de l’any 1280. L’any 1362 Sant Martí de Baussitges formava amb l’església propera de Sant Miquel de Freixe una sola jurisdicció parroquial, segons la llista de parròquies del Llibre verd de la seu de Girona. També es precisa aquesta unió en els nomenclàtors diocesans del final del segle XIV. Més endavant restà anul·lada aquesta parròquia, que no figura en la relació de l’any 1691 dels Synodales Gerundenses de Romaguera.
Amb el despoblament del territori aquesta església restà sense culte i abandonada; en els darrers temps fins i tot ha servit d’estable. L’any 1969 fou donada a conèixer com a església pre-romànica.
Sant Martí de Baussitges forma part d’un grup d’esglésies del vessant empordanès de l’Albera i terres properes, les quals són esmentades en una sentència de Carles el Calb de l’any 844 a favor del monestir de Sant Quirc de Colera. Segons aquest document els monjos d’aquest cenobi devien construir totes les esglésies que s’hi al·ludeixen. El text, que és conegut per una còpia del segle XIII, es considera falsificat en època baix-medieval; hauria estat, almenys, molt manipulat i la referència de les esglésies devia formar part d’aquesta alteració1.
La parròquia de Sant Martí de Baussitges depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica. Vol IX, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)