L’església de “Sancti lohannis quae est in Bedenga” és esmentada l’any 1002 en una butlla del papa Silvestre II que la confirma a la seu de Girona. En l’acta de consagració de l’església de la canònica augustiniana de Santa Maria d’Ullà de l’any 1182 els drets sobre l’església de Sant Joan de “Bidinga” són confirmats a aquest monestir.
Sant Joan de Bellcaire figura a les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 i entre les parròquies del bisbat en els nomenclàtors diocesans del final del segle XIV i posteriors.
Sembla que devia ésser al segle XVII o XVIII que la funció parroquial i l’advocació a sant Joan foren traslladades a l’església que hom erigí dins l’àmbit del castell palau de Bellcaire, al centre de la població. El cementiri subsistí al costat de l’antic temple, que restà com a capella cementirial. Aquesta situació perdurà fins que fou construït, els anys cinquanta, un nou cementiri als afores de la vila; aleshores l’església antiga quedà sense culte.
Un cop abandonada, l’església patí, com és lògic, un accentuat procés de degradació. Al començament dels anys seixanta els serveis de la Diputació de Girona hi iniciaren unes obres de restauració dirigides per l’arquitecte Joan M. de Ribot. Després d’una llarga interrupció foren enllestides i inaugurades el 8 d’abril de 1984. L’església antiga ha retornat al culte i comparteix la funció parroquial amb la del castell. Així, doncs, avui són dues les esglésies dedicades a sant Joan, que hi ha al poble de Bellcaire1.
La parròquia de Sant Joan de Bellcaire d'Empordà o de Bedenga depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
Veure també: Arqueologia de Bellcaire; Masos de Bellcaire; Patrimoni de Bellcaire
1 Catalunya Romànica. Vol. IX, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)