Aquesta és l’església que estigué dedicada a santa Margarida i amb aquest nom han estat conegudes sempre, popularment, les seves ruïnes. Ha estat publicada amb el nom de “Santa Margarida I”, mentre que les restes de l’altra església propera eren designades “Santa Margarida II” pel fet que s’ignorava la dedicació d’aquesta darrera. Hom sap actualment que la dita església propera estigué dedicada a santa Magdalena; ja no cal, doncs, continuar utilitzant aquesta terminologia arqueològica, ja que pot ésser aplicat a cadascun dels edificis llur nom correcte.
La “capella sancte Margarite” apareix documentada l’any 1279 a les Rationes decimarum; curiosament no surt esmentada a les mateixes llistes d’un any més tard.
A l’acta de fundació del monestir de monges benedictines de Santa Maria de Vilanera de l’any 1328 aquesta església és esmentada sota les advocacions de santa Margarida i sant Just, única notícia que tenim d’aquest doble culte: “Sanctae Margaritae et Sancti Justi”. El convent del Puig de Vilanera es trobava a poc més de 500 m més a ponent, al cim d’un turó, on se’n veuen algunes ruïnes.
En altres documents relatius a aquesta casa monàstica, s’hi troben referències a Santa Margarida i al benefici que hi era instituït. Així, l’any 1358 quan un pagès de remença, home propi del monestir de Vilanera, promet de prestar les servituds corresponents, el document és signat pel notari públic “…regentisque scribaniam Castri de Impuriis pro beneficio instituto per comitem de Impuriis in capella Beate Margante dicti Castri…”. En termes pràcticament idèntics, hi hà un nou esment del benefici en la signatura notarial d’un document de l’any 1367.
Als nomenclàtors sinodals de la diòcesi, que daten de cap al final del segle XIV, hi ha l’al·lusió a la “Capella sancte Marguerita, in parrochia Inpuriis”, entre les esglésies no parroquials amb benefici propi i sacerdot adscrit.
L’església mantingué el culte almenys fins al començament del segle XVII. Segons Francesc Monsalvatje, en una visita pastoral de l’any 1601 és consignat que posseïa encara un benefici. Segurament de la mateixa procedència són les notícies aportades per Ramon Font al final del segle XIX, que escrivia que l’any 1601, al terme parroquial de Sant Martí d’Empúries hi havia “tres capillas públicas, la de Santa Margarita, la de Ntra. Sra. de Gracia y la de San Eusebio: ésta tenía fundados dos beneficios y uno cada una de las otras dos”.
Al darrer quart del segle XVIII la capella de Santa Margarida —igual que la seva veïna, que apareix dedicada a santa Magdalena— ja no tenia cuite, ja que figura com a “derruida” en un mapa d’aquests paratges que hom data de l’època esmentada.
L’escalenc Josep Maranjas, a la seva monografia sobre Empúries publicada l’any 1803, escrivia sobre la tradició apòcrifa, segons la qual les esglésies emporitanes de Sant Eusebi, Santa Margarida i Sant Vicenç havien estat fundades per sant Narcís i sant Feliu diaca.
Cap al 1875 fou trobat a Santa Margarida o al seu entorn un fragment de sarcòfag de marbre paleocristià, d’escola septimanoaquitana, potser narbonesa, considerat del segle VI. És un front de caixa de sarcòfag, decorat amb estrigilat i al centre el crismó entre l’alfa i l’omega dins una triple corona de llorer. Josep Pella i Forgas n’havia publicat un dibuix a la seva Historia del Ampurdàn de l’any 1883, però la Peça romania perduda, fins que al començament dels anys setanta l’arqueòleg Miquel Oliva la retrobà a Santa Coloma de Farners. Per la notícia de Pella i Forgas sembla desprendre’s que fou trobat a la immediatesa de Santa Margarida, i això és el més probable. De tota manera, tenint en compte la poca precisió d’aquest text i del plànol de troballes emporitanes que l’acompanyen, potser no es pot descartar del tot que el tros de sarcòfag pugui també procedir del recinte proper de Santa Magdalena, restes que hom ha anomenat també Santa Margarida en algunes obres1.
1 Catalunya Romànica, Joan Badia i Homs
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)