La vila “Militiano” i la seva església de Sant Pere són esmentades en dos documents de l’any 913. L’any 959 consta que al terme de Sant Pere tenia propietats el magnat de nom Riculf, gran terratinent de l’època.
En sengles butlles papals dels anys 974 i 990 i en un precepte del rei Lotari de l’any 982 apareixen confirmades al monestir de Sant Pere de Rodes les possessions que tenia a la vila Militiano, quem vocant Sanctum Petrum.
L’any 1064 la vila de Sancti Petri Piscatoris és anomenada en una donació al monestir de Santa Maria de Roses de terres situades al seu terme i al del lloc veí de Vilamacolum.
L’any 1060 en una important donació feta per la comtessa Guisla d’Empúries a la seu de Girona figura un alou que es precisa situat dins els termes de la parròquia de Sancti Petri Piscatoris. El 1064 consta que unes terres pertanyents al monestir de Santa Maria de Roses eren situades dins els termes de la vila de Sant Pere Pescador i del lloc veí de Vilamacolum; la donació a l’esmentat cenobi havia estat feta l’any 1050.
L’any 1070 un tal Bernat, en el seu testament, manava ésser enterrat a Santa Maria de Roses i llegava a aquest monestir unes terres a la villa Miliciano quod vocant Sancti Petri. L’any 1095 el mateix rebia de Ramon Guillem diverses terres properes al Fluvià i al terme de Sant Pere Pescador.
L’any 1087 el comte Ponç I, en el seu testament, llegà uns masos de “Sancto Petro Piscatorio” al monestir de Roses.
Guillem Umbert de Basella, en testament de l’any 1151 deixà un alou de Sant Pere Pescador a Ramon Ademar.
Sant Pere Pescador era un dels llocs del comtat d’Empúries on tenia albergs el comte de Rosselló segons un capbreu del segle XII, datable entre els anys 1150 i 1164.
L’església de Sant Pere figura en les Rationes decimarum del darrer quart del segle XIII i els nomenclàtors de parròquies del segle XIV.
L’actual església parroquial fou bastida al final del segle XVII després d’ésser enderrocat el temple medieval. El 20 de novembre de l’any 1882 fou signat contracte per a la seva construcció entre la universitat de la vila i Antoni Riera, escultor, Francesc Pujol i Narcís Torró, mestres de cases, tots ells de Mataró. Una de les clàusules d’aquest contracte establia que la universitat “a propis gastos de dita Vila faran derruir així com-convinga la Isglesia Vella que vuy está enpeus y feria escombrar de la ruina de aquella. De la dispulla de la qual Isglesia Vella se pugan valer los dits Mestres Riera, Pujol i Torró per la dita fabrica de la Isglesia nova”1.
La parròquia de Sant Pere Pescador depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)