Aquesta església apareix esmentada en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280. L’any 1362 consta com a sufragània de la parròquia d’Agullana, mentre que en els nomenclàtors del final del segle XIV figura com a parroquial. Sembla que perdé aquesta categoria ja al segle XV. L’edifici actual és una obra del final del segle XVIII1.
La parròquia de Santa Maria de l'Estrada depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)