Sant Joan de Mata és una de les parròquies que foren V confirmades com a possessió de la canònica de Santa Maria d’Ullà l’any 1182, en l’acta de consagració de l’església d’aquest monestir.
L’any 1228 el canonge Bernat de Monells cedí la vila de Matajudaica al bisbe Guillem de Cabanelles i a la dignitat episcopal gironina. El lloc formà part del conjunt d’importants possessions de la seu en terres del Baix Empordà. En el cas de Matajudaica, com en d’altres, hom procurà d’anar augmentant la presència del domini episcopal. Així, l’any 1245, el bisbe Guillem de Cabanelles deixava en testament tot el que ell posseïa a Matajudaica. El bisbe Pere de Castellnou, en testament del 1278, assignava a la seu tots els béns que havia adquirit a diferents llocs, entre els quals hi havia els de Matajudaica.
L’any 1297 el comte d’Empúries apellà a l’arquebisbe de Tarragona contra la intenció del bisbe Bernat de Vilamarí de fortificar els llocs de Corçà, Parlavà, Ultramort, Casavells i també Mata. L’any 1336 hi ha notícia que a Matajudaica hi havia un batlle episcopal, anomenat Guillem Andreu.
Al final del segle XVI hi hagué un plet sobre la jurisdicció de Matajudaica entre el bisbe i Lluís de Senesterra.
L’església de Matajudaica els anys 1279 i 1280 figura en les llistes dites Rationes decimarum. En documents dels anys 1316 i 1362 i en els nomenclàtors del final del segle XIV és esmentada l’església parroquial de Sant Joan de Matajudaica. En les relacions de parròquies del 1691 s’expressa encara que pertanyia a la “dignitat episcopal”. Ha conservat la funció parroquial fins avui, si bé la celebració del culte hi és molt esporàdica.
Durant els segles XVI-XVIII l’església fou pràcticament del tot reconstruïda.
L’apellatiu judaica aplicat al topònim Mata ha fet suposar que aquest poblat podria tenir l’origen, potser en època alt-medieval molt reculada, en alguna comunitat jueva, qui sap si procedent de l’antiga Empúries. Tanmateix, per dissort no es coneix cap document que ho pugui testificar1.
La parròquia de Sant Joan de Matajudaica depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)