El topònim de Navata el trobem esmentat documentalment per primera vegada el 10 de maig de l'any 948, en la donació que Gotmar, bisbe de Girona, fa a l'església de Santa Maria de la Seu de Girona, de la vil·la dita Llebrers, en el terme de Navata, situada al comtat de Besalú, que posseeix per herència dels seus pares, per compra i per precepte del rei Lluís1.