Tot i que el primer document guardat que fa referència a la parròquia d'Aiguaviva data de l'any 882, en un document del bisbe Teuter que el cita com a "Sant Joan", i en el segle XI surt esmentada la parròquia en multitud de documents, no en queda cap rastre del possible temple romànic que hi devia haver.
L'11 de maig de 1492, l'Universitat d'Aiguaviva, en lloc de reparar l'antic temple, decideix bastir-ne un de nou, amb més capacitat, més sòlid i amb l'estil gòtic que imperava en aquells moments. Es convé que la nova nau tindrà la mateixa alçada que la de la sala capitular del convent dels predicadors de la ciutat de Girona i l'obra es farà amb les mateixes característiques, amb els corresponents arcs, càrregues i tres claus de volta, tot de pedra picada. També hi obrirà un rosetó de tres pams de diàmetre. Les parets tindran un gruix de set pams, en la part corresponent a la base dels fonaments fins arran de terra i, des d'aquest punt, el gruix serà de cinc pams.
A l'any 1495, es convé també la construcció del campanar, en substitució del vell que s'enderrocarà. Es construirà una escala de cargol per pujar-hi.
A finals del segle XVII, per tal de donar més cabuda al temple, es decideix enderrocar l'absis i els dos altars laterals més pròxims. Al seu lloc s'hi aixeca un creuer i una nova àbsida que correspon al que serà l'altar major, al mateix temps es modifica l'entrada i la porta principal. Les inscripcions en pedra, donen testimoni de la pauta de construcció des del 1694, data que consta al començament de les escales que porten a la porta d'entrada de l'església, fins a l'any 1830, que consta a la porta d'entrada. Si bé en la visita pastoral del 1689, es dóna constància que fa poc s'han acabat les obres de la sagristia.
Informació extreta del llibre "Història d'Aiguaviva del Gironès i de la parròquia de Sant Joan Baptista" de Josep Bosch i Mercader
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)