L’església parroquial de Sant Joan ha aglutinat un dels dos nuclis principals del poble de Foixà; l’altre és el del castell. El lloc apareix esmentat l’any 1019 amb el nom de “Fuxan”. L’església parroquial s’esmenta l’any 1058, en què la comtessa Ermessenda la restituí al bisbe de Girona. Figura en les Rationes decimarum de l’any 1280 i en les llistes de parròquies del 1362, del final del segle XIV i d’època posterior1.
La parròquia de Sant Joan de Foixà depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)