L’església parroquial d’Empúries apareix esmentada a les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280. En documents del començament del segle XIV, dels anys 1309 i 1316 hi ha esments al delme de Cinclaus, de la parròquia de Sant Martí d’Empúries; hom hi consigna també dins el terme parroquial de “Sancti Martini de Impuriis” el monestir de Santa Maria de Vilanera a l’acta de la seva fundació de l’any 1328.
En les llistes de parròquies que figuren al Llibre verd de la seu de Girona, que data de l’any 1362, hom hi ha anotat també que a aquesta parroquia pertany el lloc de Cinclaus: “Sancti Martini de Impuries et de Quinque Clavibus”. També figura entre les esglésies parroquials als dos nomenclàtors diocesans del final del segle XIV i als del segle XVII1.
La parròquia de Sant Martí d'Empúries depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)