La villa Rupiano és esmentada en el testament del comte Gausfred d’Empúries-Rosselló de l’any 989. L’església de Sant Vicenç apareix esmentada en un conveni del 1139 entre el bisbe de Girona i Arnau Gausfred.
L’any 1149 Guerau de Rupià, en ocasió de “pergere ad Ispaniam”, deixà a Sant Vicenç de Rupià el cens que rebia de la seva sagrera. L’any 1274 Agnès de Foixà vengué al bisbe de Girona l’honor de la “parrochia sancti Vicency de Rupiano”. L’edifici que ha arribat fins a nosaltres fou començat a construir al segle XV. Als segles XVI i XVII hi foren afegides les capelles laterals, mentre que la façana i el campanar són del segle XVIII1.
La parròquia de Sant Vicenç de Rupià depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)