L’església parroquial de Santa Maria és esmentada en les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 i l’any 1362. En els nomenclàtors de la diòcesi del final del segle XIV figura l’“ecclesia parrochialis sancte Marie de Cadaqueriis”.
A causa de la seva posició, Cadaqués hagué de sofrir els efectes de la pirateria en moltes ocasions. Hi ha notícies de la ràtzia de l’any 1444, en la qual hom suposa que devia ésser destruït l’arxiu del poble, i de continuades incursions al llarg del segle XVI. Segons F. Monsalvatje, a l’església, darrere l’altar del Sant Crist, hi havia una inscripció que deia: “octubre de 1543, fou cremada la yglesia vella per los moros”. L’església actual és un edifici que fou construït al segle XVI, amb afegitons dels segles posteriors, que fou consagrada l’any 1641, bé que possiblement el temple no era acabat en aquesta data. Darrere aquest edifici hi havien hagut les restes d’una construcció que havia servit de teatre, la qual era, segons l’historiador Josep Rahola i Sastre, una romanalla de l’església vella.
La parròquia de Santa Maria de Cadaqués depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries1.
1 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)