Es tracta de l'únic monestir benedictí femení d'època medieval que, juntament amb el de Sant pere de les Puelles de Barcelona, s'ha conservat fins avui en el mateix lloc que fou erigit originàriament a la vall i poble de Sant Daniel.
A l'any 1015 el bisbe de Girona Pere Roger de Carcassona, ven a la seva germana la comtessa Ermessenda i al seu marit Ramon Borrell I, la primitiva església de Sant Miquel amb el terreny que tenia annex o alou, per 100 unces d'or.
L'any 1020, reedificada l'església, la comtessa hi establí una comunitat de monges benedictines, presidida per una abadessa amb clergues al seu servei. Fou dotada per la mateixa comtessa i el seu fill Berenguer Ramon amb bens a Montfullà, Vilablareix, Vilademuls i altres indrets.
L'estrena de la restauració del claustre romànic obre els actes de la celebració d'una peça clau en el patrimoni de Girona. El president Mas compara la resistència de l'edifici amb la de Catalunya.
Tot i que les obres es podrien enllestir a la tardor, es preveu que la restauració acabarà completament a principi del 2013, any en què es preveu encetar un seguit de celebracions.