L’església de Sant Martí de Fontanilles fou consagrada l’any 965 per Arnulf, bisbe de Girona.
L’església es relaciona en les Radones decimarum dels anys 1279 i 1280 i continua figurant com a parròquia en els nomenclàtors sinodals de la diòcesi del segle XIV i amb posterioritat1.
La parròquia de Sant Martí de Fontanilles depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)